Aujourd'hui, le problème crucial qui est posé est celui du partage et d'un accès « intelligent » à l'information médicale disponible.

Les ontologies et les terminologies prennent de plus en plus d'importance. Elles fournissent un vocabulaire commun ainsi qu'une description de la signification des termes d'un domaine et des relations qu'ils entretiennent qui est exploitable de manière informatique. Elles jouent un rôle majeur pour la nouvelle génération du World Wide Web aussi appelé Web Sémantique, car elles sont indispensables pour décrire le contenu des ressources du Web et faciliter leur exploitation.

Ainsi par exemple,  la Systematised Nomenclature of Medicine Clinical Terms (SNOMED CT) est utile aussi bien pour les dossiers  électroniques où elle réduit les possibilités de mauvaise interprétation des données, que pour la recherche d'information. D'autres exemples d'ontologies sont le Foundational Model of Anatomy (FMA), le National Cancer Institute (NCI) Thesaurus, Gene Ontology et OBO Foundry – un entrepôt contenant plus de  80 ontologies biomédicales.

Les technologies, langages, outils et standards du Web Sémantique (RDF, OWL, SPARQL...etc.) jouent également aujourd'hui un rôle de toute première place pour les applications médicales.

L'objectif de cet atelier est de dresser un état des lieux en faisant le point sur les avancées scientifiques et les projets réalisés récemment en France dans le domaine biomédical, la dernière journée Web Sémantique Médical ayant eu lieu en 2004 à Rouen. Il vise notamment à rassembler des utilisateurs, développeurs, et chercheurs tant universitaires qu'industriels pour décrire et partager  leur expérience autour  d'applications basées sur des technologies du Web Sémantique.

Les discussions pourront être organisées autour des thématiques (non exhaustives) suivantes :

• Terminologies et ontologies du domaine médical. Formalismes de représentation. Apport de la sémantique.

• Méta-données et annotations pour la recherche d'information. Types de méta-données. Méta-données basées sur des ontologies. Outils d'aide à l'annotation.

• Langages de requêtes, langages de règles basés ontologie, fouille de données et leurs apports.

• Intégration de données multi-sources, entrepôts de données biomédicales sur le Web, alignement/mise en correspondance d'ontologies et de terminologies.

• Applications biomédicales des technologies Web Sémantique au dossier patient,  à la génomique et autres "iques", l'imagerie médicale, sites grand public, recherche biomédicale, enseignement,..etc.

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