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Participation au Sixth i2b2/VA Shared-Task and Workshop
Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data:
Event,
Timex and Temporal Relations Challenge (2012) organisé par
I2B2 (Informatics for integrating Biology and the Bedside - a
National Center for biomedical Computing). Membres de l'équipe : Thierry
Hamon (LIM&BIO), Natalia Grabar (STL-Lille3), Cyril Grouin, Sophie
Rosset, Xavier Tannier et Pierre Zweigenbaum (LIMSI-Orsay).
Résultats: Tâche 1 - Event : 9e sur 14, Timex : 10e sur 14 Tâche 2 - End
to End (Event&Timex et Tlink) : 5e sur 7.
Voir https://www.i2b2.org/NLP/TemporalRelations/Main.php
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Participation au Défi
Fouille de Texte} (DEFT) 2012 organisé par le
LIMSI-CNRS (Orsay) et l'EBSI (Université de Montréal).
L'objectif était d'identifier les mots clés associés à des articles
scientifiques issus des Sciences Humaines et Sociales. La première
tâche fournissait la liste des mots clés pour l'ensemble de la
collection d'articles. Aucune information n'était fournie dans la
deuxième tâche. Les données d'entraînement était disponibles pendant
environ 2 mois. La phase de test durait trois jours. Je suis arrivé
quatrième sur les deux tâches (parmi 10 participants) avec des
F-mesures de 0,3985 et 0,1921. Voir
http://deft.limsi.fr/2012/
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Participation au Fourth i2b2/VA Shared-Task and Workshop
Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data:
Medical Concept, Assertions, Relations Extraction Challenge (2010) organisé par
I2B2 (Informatics for integrating Biology and the Bedside - a
National Center for biomedical Computing). Membres de l'équipe : Thierry
Hamon (LIM&BIO), Natalia Grabar (SPIM INSERM, HEGP), Amandine
Périnet (LIM&BIO), Jérome Nobécourt (LIM&BIO).
Voir http://www.i2b2.org/NLP/Relations/Main.php
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Participation au Third i2b2 Shared-Task and Workshop
Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data:
Medication Extraction Challenge (2009) organisé par
I2B2 (Informatics for integrating Biology and the Bedside - a
National Center for biomedical Computing). Membres de l'équipe : Thierry
Hamon (LIM&BIO), Natalia Grabar (SPIM INSERM, HEGP).
L'objectif était d'extraire les médicaments prescrits au patient
ainsi que des informations associées (fréquence, dosage, mode
d'administration, durée, motif), de dossiers patients rédigés en
texte libre. Les données de développement étaient mises à
disposition pour trois mois (les documents n'étaient pas annotés),
et la phase de test durait moins de 3 jours. Nous sommes arrivés
7ème sur 20 participants avec une macro F mesure de 0,7801.
Voir http://www.i2b2.org/NLP/Medication/Main.php
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Participation au Second i2b2 Shared-Task and Workshop
Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data
Obesity Challenge (A Shared-Task on Obesity): Who's obese and what
co-morbidities do they (definitely/likely) have? (2008) organisé
par I2B2 (Informatics for integrating Biology and the Bedside - a
National Center for biomedical Computing). Membres de l'équipe :
Natalia Grabar (SPIM INSERM, HEGP) et Thierry Dart (HEGP)
L'objectif était de catégoriser des dossiers patients suivant 16
pathologies (Obésité et 15 co-morbidités notamment Asthme,
Hypertension, etc.) en effectuant des déductions sur les
informations contenues dans le texte (tâche dite "intuitive"), les
patients pouvant avoir plusieurs pathologies. Les données
d'entraînement étaient mises à disposition pour trois mois, et la
phase de test durait moins de 3 jours. Nous sommes arrivés 16ème
sur 28 participants avec une macro F mesure de 0,6104 (la mesure
variant entre 0,3442 et 0,6745, la moyenne étant de 0,60).
Voir
http://www.i2b2.org/NLP/Obesity/